甲斐源氏の一族であった南部家は、建武の新政の時代に糠部（現在の青森県東部と岩手県北部）の奉行を任ぜられ当地方に入部しました。その後、24代当主晴政の時代に三戸城を居城としました。

三戸城跡は、標高131ｍの独立河岸段丘を利用した自然の要害で、市街中心部に位置しています。城跡内には本丸のほか、重臣の屋敷が建ち並んでいたとされ、石垣や堀、城門跡が残されています。戦国末期から近世初頭における北東北の築城技術が分かる重要な史跡であるとして、令和4年に国史跡に指定されました。